Danau Kelimutu masuk dalam kawasan Taman Nasional Kelimutu, sebuah taman nasional terkecil dari enam taman nasional yang ada di kawasan Bali dan Nusa Tenggara. Tempat wisata ini berada di puncak Gunung Kelimutu dengan ketinggian 1.690 meter di atas permukaan laut. Danau Kelimutu terdiri dari tiga buah ‘kubangan’ atau kawah dengan warna yang berbeda-beda.